La chiesa di San Giuseppe dei Ruffi (o dei Ruffo) e il corrispondente monastero sono situate nell’omonima piazzetta e la loro fondazione risale al 1604, grazie all’interessamento di alcune nobili donne napoletane come Cassandra Caracciolo, Caterina Tomacelli e Ippolita e Caterina Ruffo. Nel 1611 le monache si insediarono nel monastero e, pochi anni dopo, si decise di costruire una nuova chiesa in sostituzione di quella preesistente.
I lavori cominciarono intorno 1630 grazie al progetto realizzato da Dionisio Nencioni di Bartolomeo. Nello stesso periodo, inoltre, grazie all’acquisizione di alcune abitazioni circostanti, venne realizzato il terzo lato del chiostro che divenne operativo già nel 1636.
A metà secolo, quindi, il convento era quasi terminato, ma la chiesa andava a rilento. Così, un nuovo progetto venne commissionato a Dionisio Lazzari. Nel 1669 vennero terminati i piloni di sostegno della prima cupola, la seconda, ideata da Arcangelo Guglielmelli, venne realizzata nel 1720 e la terza fu ultimata nel 1734. Parallelamente, intanto, veniva costruita la navata centrale, mentre tra il 1681 e il 1686 venne realizzato anche l’altare maggiore.
Alla morte del Lazzari , il cantiere passo nelle mani di Arcangelo Guglielmelli e del figlio Marcello che, insieme, terminarono la navata e cominciarono a costruire l’atrio che venne definitivamente concluso nel 1725.
In seguito, l’opera passò a Nicola Tagliacozzi Canale che, in primo luogo, si preoccupò di rinforzare la struttura e riparare i danni del terremoto e, poi, decorò l’interno con marmi commessi.
Nel XIX secolo, per permettere la costruzione di via duomo, un lato del chiostro grande venne sacrificato e, quindi, distrutto.