La chiesa di San Sebastiano venne edificata nel cortile dell’omonimo monastero, costruito nel VII secolo nell’area delimitata dal Decumano inferiore e da Via San Sebastiano. [mappa]
Dopo un periodo di chiaroscuro, la struttura riprese a funzionare regolarmente dal 1427, quando ospitò delle siore domenicane. Nel XVIII secolo, la chiesa venne restaurata da Fra’ Giuseppe Nuvolo che gli conferì una pianta a forma ellittica e una cupola. Dopo vari passaggi di ordini religiosi, nel 1860 la struttura divenne il Liceo Classico Municipale, mentre la chiesa venne distrutta nel 1939.